美国胃肠道学会2011年年度科学会议和研究生课程上一个新闻简报的几个研究强调：越来越多的证据表明服用益生菌，或好的细菌，可以减轻常见的胃肠道症状，如腹泻、胃气涨和炎症。
在一个荟萃分析中，纽约布鲁克林区的迈蒙尼德医疗中心研究人员分析包括3000多例患者的22项研究，发现服用益生菌可使抗生素相关腹泻和艰难梭菌相关性腹泻的发生率降低60%，比较有显著性差异。
在另外一项荟萃分析中，美国马萨诸塞州波士顿贝斯以色列女执事医疗中心和哈弗医学院的研究人员分析超过3000名病人的28个随机对照试验，每个病人接受单一或者联合抗生素治疗指征。在成人和儿童人群中，益生菌使用的预防效果是非常显著的，无论使用品种，无论抗生素管理。
迄今为止规模最大的益生菌在非病人研究中，北卡罗来纳大学教堂山分校的研究人员评估双歧杆菌35624（一种益生菌，可缓解肠易激综合征患者症状）的效果，看它如何缓解非病人的腹部不适和腹胀
随机双盲安慰剂对照组研究涉及一个2周安慰剂阶段和随后一个4周干预阶段，本研究在美国的10家临床中心进行。超过300名有2周以上腹部不适和腹胀的非病人平均至少三个月参加本研究。他们在过去的12个月里没有见因为症状看过医生或者接受治疗。
对比以前肠易激综合征病人的临床研究，研究人员发现非病人服用双歧杆菌35624后的腹部不适和腹胀没有明显显著改善。
然而，爱尔兰小组发现一位非病人接受双歧杆菌35624后无腹胀症状的天数更多。
研究人员推测菌群失调可能解释广泛性的炎症发病率增加。为了测试胃肠道好坏细菌平衡引发的免疫应答，爱尔兰科克大学胃肠道药学生物中心和在科克市的胃肠道健康公司的研究人员进行一双盲安慰剂研究。他们的目的是看看双歧杆菌是否影响炎症疾病病人免疫系统的促炎症标记物
他们的研究结果表明益生菌具有抗炎症效应。
本课题负责人，医学博士，美国胃肠学会会员，爱尔兰科克国立大学医学教授，Eamonn Quigley说：“通过口服一种特殊的益生菌，我们可以减少促炎症因子水平和加强抗炎症因子的产生，这些在我们筛选的动物模型和更多基础模型可以精确复制。”
健康受试者和银屑症病人的血清中抗炎症因子白介素10（IL-10）升高显著，但是服用安慰剂8周的实验组没有发现上述现象。
所有服用双歧杆菌的病人血清中两种促炎症因子：肿瘤坏死因子（TNF-a）和IL-6水平下降。银屑病、溃疡性结肠炎和慢性疲劳的患者服用双歧杆菌治疗组的C反应蛋白水平比安慰剂组显著降低。
爱尔兰双歧杆菌35624课题的一位研究人员，医学博士，美国胃肠学会会员，科克大学医学部门主席兼教授，Fergus Shanahan说：“虽然不是每个人服用一种抗生素都需要服用一种益生菌，但是老人应该习惯服用益生菌来减少如抗生素相关腹泻或者抗生素相关艰难梭菌腹泻。”
某些病人（如那些囊肿性纤维化和慢性尿路感染）必须经常服用抗生素，他们可能在服用益生菌来减少抗生素相关腹泻中获益。
“值得讽刺的是，我们上消化道有着亿万个生物，我们竟然担心服用一种生物（这里指服用益生菌）并且其数量相对少的，而不是担心患者服用药物的毒性。”Shanahan博士声明，“我们担心的东西只有微乎其微的副作用，虽然不可能为零，但它是非常非常低。”
“如果我们更加重视处方抗生素，我们就不会有那么多问题。”Quigley博士补充说。
Mark Mellow（医学博士，美国胃肠学会会员，俄克拉荷马州INTEGRIS浸信会医疗中心消化卫生所主任）指出，抗生素滥用不能仅仅指责医生，医院遵守委员会的法令往往建立以下规则——那些有获得性肺炎的患者前来就诊后很快就允许给予抗生素治疗。这些规则可能产生意想不到的后果。
“有发烧和咳嗽的人进来后，由于没有足够的时间检查发病原因，他们就给予抗生素治疗，”Mark Mellow说，“不管他们是否有一种细菌感染。”
越来愈多的文章表明服用益生菌对健康人或者患者都是有益的。ICU病人服用益生菌可减低感染率；服用益生菌还可以减轻放化疗对肿瘤患者伤害；在根除幽门螺杆菌治疗中，加入益生菌可以减少不良反应，提高Hp的根除率。
