由于肠道寄生菌对健康十分重要，目前对它的研究越来越多。生活方式对它的组成、种类等可产生影响，破坏时则有发生疾病的可能性，老年人群中其肠道寄生菌的种类及组成等和各种健康参数如炎性细胞因子的水平等有关。因此，有研究认为肠道菌群可能是免疫代谢性疾病的保护性因子或治病因素。
研究表明肠道菌群、宿主免疫力及新陈代谢组成机体的网络系统，而饮食对上述因素均可以产生影响，但是尚不明确运动对肠道菌群的影响情况。爱尔兰国立大学科克学院药物和消化系统生物治疗中心的Fergus Shanahan教授和其同事，对运动及其相关的饮食和肠道菌群的关系进行了研究，其结果发表在2014年的Gut杂志上。
研究人员选择40名男性橄榄球精英运动员为研究对象，平均年龄为29岁，平均BMI为29.1，选择同年龄的BMI≤25、及BMI>28的男性以作对比。排除标准包括BMI在25和28之间、近2月内曾服用抗生素或合并心血管系统、消化系统、免疫系统疾病。
在营养学家的帮助下，所有研究对象均完成食物频率问卷调查（FFQ），包括4周前的进食食物种类及剂量，完成FFQ后将其进行编码、量化，然后应用体重摄入的软件包进行营养摄入分析，最后将上述资料输入SPSS V.18进行分析；应用双能X射线骨密度仪扫描对研究对象的身体组成进行分析，同时记录其腰臀比；应用EPIC-Norfolk问卷对低BMI和高BMI的对比研究对象进行体力活动进行分析。
收集上述所有对象的粪便及血液标本，提取粪便中的DNA，并对16s rRNA进行扩增。
研究表明，运动员血浆肌酸激酶（和运动量有关的酶学指标）的含量明显高于对照组，且炎性因子水平则较低，运动员和低BMI对照者的代谢指标明显高于高BMI对照者。每个运动员粪便中平均有14736种16S rRNA，而对照组中则为11941；且α片段的变异多样性运动员高于对照组，而两组对照组中α片段的多样性无明显差别。
运动员的粪便中共检测出22门68 族113类益生菌，而低BMI的对照组中则为11门33族65类，高BMI对照组中为9门33族61类；运动员粪便中48种肠道菌群比例高于BMI对照组中，且Akkermansiaceae和Akkermansia菌的比例亦明显较高，仅有1种菌群比例低于后者。
运动员组和低BMI组的对比表明，前者40种菌群比例高于后者。将高BMI组和低BMI对比，发现前者Dorea菌和Pseudobutyrivibrio菌的比例较高，而Ruminococcaceae Incertae Sedis菌和Akkermansia菌的比例较低。
运动员组能量摄入、每天摄入的蛋白、脂肪、碳水化合物、糖类和饱和脂肪酸的量明显高于对照组，摄入的纤维素量、单不饱和脂肪酸及多不饱和脂肪酸的量高于高BMI组。且蛋白在总能量中的比例，运动员组高于两组对照组（22%vs16%、15%）。运动员组水果和蔬菜占能量摄入的比例高于对照组，甜点的比例则低于对照组。
瘦素水平和BMI、身体脂肪含量、腰臀比呈正比，而和低体重呈反比，同时脂肪因子水平和BMI、低体重亦呈反比。生态环境中的多样性有助于稳定性，肠道菌群多样性或许是健康的指标之一，据研究其多样性的缺乏可能和自闭症、IBD、反复梭状芽孢杆菌相关性腹泻、肥胖相关性炎症疾病有关，而老年人群中多样性的增加则和健康水平有关。
而该研究指出运动和饮食对肠道菌群有重要影响，且运动和饮食中蛋白含量较高可提高其多样性。但是运动和肠道菌群的关系十分复杂，尚需进一步研究。
