内镜检查的出现为医疗诊断提供了“可挽救生命”性的信息，但与此同时，是否内镜检查也因存在交叉感染的可能性而将患者置于不必要的感染风险之中呢？
美国疾病控制管理中心对产新德里金属-β-内酰胺酶（NDM）抗青霉烯类抗生素的多药耐药大肠杆菌爆发性感染进行了长达一年的调查研究，并在2014年1月3日对外公布了研究结果。
在69名确认感染了此种大肠杆菌的患者中，有29名在先进路德纪念医院（ALGH）进行了相同的内镜检查。
内窥镜作为检查手段本身并无危险，但同一内镜检查不同患者之间的清洗消毒过程则容易导致交叉感染的发生，这是一直困扰卫生保健行业人员的问题。单在美国每年就有186万次内镜检查以及至少50万次纤维支气管镜检查。医疗从业人员必须对同一内镜在不同患者之间使用时的消毒清洁过程给予最大限度的关注，尤其是在超级细菌出现的时候。
在防止致命性感染暴发方面，安全有效的内镜清洁流程并未被医疗从业人员广泛了解。现在内窥镜已经成为促进患者之间发生致病性交叉感染的一种途径，对于一个临床医生而言，仅从个人经验来看可能很难发现交叉感染的危险性，更广泛全面的研究表明，不同人员操作内镜的清洁级别千差万别。
2013年中期的研究报告指出，美国15%的医院中，经液体灭菌处理后的内镜并未达到公认的清洁标准。该项研究还发现，十二指肠镜清洁度最差，有30%存在污染；结肠镜清洁度最好，污染率为3%。总而言之，后期处理费时费力，昂贵而且容易失败，但是确实非常有必要。
内镜是能够进入人体自然管腔的器械，通过内镜及其配件很容易对人体内造成污染。即使正确严格的经过多道复杂处理程序，也很容易向人体管腔内带入细菌，而这些管腔通常都难以进入且容易潜藏细菌。所以不仅对内镜的消毒需要严格遵照流程，对整个仪器以及后续处理的环境都必须维持清洁。因为在某些情况下，消毒和清洁材料自身可能已经被污染了。
讽刺的是，通常情况下被称为“液体灭菌法”的后续处理程序所使用的液体，也无法使仪器达到灭菌的要求。因残留在内镜管上的细菌反复接触消毒液体，有极大的可能已经对固有的消毒液体产生耐受，使得即使按照严格程序进行消毒，也无法达到灭菌的效果、
根据胃肠病学护士学会（SGNA）提出的指南，内镜后续处理的步骤有43步，另一项研究也指出，处理时间至少要超过半小时。首先需要预清理内镜上的残留物，接下来进行泄漏测试以确保所有内部管道完好，没有漏洞导致仪器的污染。内镜需要拆分开来，以便可以进行手动清洗，去除所有外源性物质以及会干扰消毒的物质。
然后完全将内镜浸没入内镜消毒液中浸泡。消毒剂的功效必须足够杀灭可能引起污染的感染源，但其性质又需要比较柔和，不至于损伤仪器，因为消毒液的浓度过高可能会导致仪器使用寿命缩短。消毒之后将内镜进行反复冲洗、干燥、保存。SGNA还提供了许多针对保存和在处理的环境清洁指南，以帮助维持再处理过程的有效性和安全性。
内镜污染并不是一种新现象。2006年Seoane-Vazquez等进行了一项Meta分析，调查研究了1974-2004年的30年间美国发生的所有污染事件。研究报告指出，共有10989名患者暴露于被污染的检查仪器下，其中740人受到了感染。当中但所有的研究都说明了暴露人数，且该研究涉及的内镜种类也不同。
其中纤维支气管镜和消化道内镜涉及的病例数最多，而暴露于上消化道内镜污染的病人中出现感染的病例数最多。对引起感染的病原菌进行鉴定，最常见的是结核分枝杆菌和铜绿假单胞菌，这两种细菌感染都可能会造成生命威胁，并与产生耐药有关。
因监测及上报程序的缺陷以及经内镜检查发生交叉感染的患者并不会立即出现症状，所以专家相信因内镜检查而造成的感染率大于现有的报道数据，而且目前无法准确评估其发病率。感染暴发多因感染情况严重，且造成感染的菌株并非常见，只有当出现感染暴发的情况时，才有可能促使进一步调查研究的进行。
如果一个做过内镜检查的患者出现结核感染症状，尽管最近暴发感染的大部分都是M型结核杆菌，医生一般也不会考虑到近期进行的内镜检查会是造成感染的原因。即使如此，从2000年开始，在美国和欧洲已经出现了几次因内窥镜设备污染而造成的致命性病原菌感染暴发流行。
2013 年，Neosho地区纪念医院因内窥镜消毒不合格造成了244名患者暴露于HIV、HBV以及HCV污染的环境中，并可能出现感染。2002年，约翰霍普金斯医院有414名患者暴露于铜绿假单胞菌污染的内窥镜检查环境下，并有32人受到了感染，其中3名患者死亡。2009年，一所未透露名称的德克萨斯州医院中，关节镜检查造成了7名患者感染相同的病菌。
当健康管理机构寻找引起感染性疾病暴发的确切原因时，发现内窥镜的镜管是罪魁祸首。镜管是活检钳等辅助工具可以通过的管道，在这一管道中很容易有细菌存留，并且该部分很难进行细致清洗。在大多数因内镜检查而发生的感染事件中，最后都在镜管内部找到了病原菌。
因内窥镜检查而发生的交叉感染可能打破患者和医生之间的信任，并给健康管理机构造成巨大的经济负担。医学团体认为，内镜检查引起交叉感染的主要原因是操作人员的失误和清洁不彻底。因此急救护理研究所提出的2014年“十大科技危害健康”事件中，内窥镜检查后续处理不规范也名列其中。并指出，应该再次对操作指南进行修订，并对技术人员进行更好的培训。
这一理论在20年前就已提出，但内镜污染引起的感染问题至今仍然存在。既往研究经验表明，即使对使用后的内镜进行十分严格的液体消毒，仍然无法预防交叉感染的出现。使用后的清洁消毒程序繁复且内镜设计复杂，是引起消毒不彻底的固有缺陷。
在内镜可能造成交叉感染风险的问题上，我们不能再重复“忽略手部清洁重要性”的这种错误。需要对内镜使用后消毒处理程序进行改良，以预防感染暴发。一些对消毒方式进行改变的尝试在减少内镜污染残留方面取得了较为积极的结果。例如ALGH医院在出现超级细菌感染暴发事件后，改用乙烯氧化气体灭菌消毒，而美国及英国开始在内镜检查过程中使用镜管外一次性套管，使得安全性方面得到了改善。一次性套管的使用虽然在完整性方面存在缺陷，但并不妨碍在内镜下进行活检或简单治疗。
因套管是一次性材料，所以不存在将管壁上未清洗干净的细菌带到其他患者体内造成交叉感染的可能，也不会因反复消毒、接触消毒液体而导致细菌出现耐药。而且一次性套管的使用也可大大减少内镜使用后的处理程序，减少人力物力的损耗，并可减少医疗从业人员反复接触有害的化学制剂。
尽管更换一个可以配套使用套管的内窥镜系统需要一定的资金投入，但从长远来看，使用套管比原先无套管内镜检查系统更好、更便宜，而且在患者和医疗健康护理方面效率更高，有着更低的运营成本，能获得长期收益。
当然还有其他的内镜消毒方式，可是都在安全性、有效性和花费方面存在某些短板。乙烯氧化气体是一种对人体有害且存在潜在致癌风险的化学制剂，需要额外的时间和特殊的环境以进行内镜处理后通风。过氧化氢等离子体消毒需要更长时间，花费更高，而且对某些内镜组件具有腐蚀性。
所以寻找良好的内镜使用后消毒处理的方法，并形成规范进行推广和培训，严格掌握操作流程，提高医疗卫生从业人员对这一问题的重视程度，是防止因内镜检查造成交叉感染的重中之重。
