溃疡性结肠炎患者进行粪菌移植的原理概述图。
5天或10天给予益生菌（蓝色）和/或抗生素（红色）。给药方法如下：甲硝唑（Met；500mg，一天2次），布拉是酵母菌（Sb，艾青色）= 欧姆尼生物制剂6（O6）。箭头表示进行粪菌移植，用箭头指代捐献者。1号患者（P1）接受2次来源于不同捐献者的粪菌移植。2号和3号患者接受粪菌移植来自同一个捐献者。4号和5号患者接受粪菌移植来自同一个捐献者。红色圆圈表示菌群数据的抽样日期。绿色圆圈表示临床数据收集日期而无菌群数据。5号患者在第6周进行了粪便取样而非预先设定的第8周。“BL”表示粪菌移植前的基础数据，是指除外1号患者第一次进行粪菌移植外的全部患者在使用抗生素之后的基础数据。
研究要点：
- 粪菌移植在治疗艰难梭菌相关性肠道疾病中有着十分有效的治疗效果，但在炎症性肠病中的应用如何以及治疗效果仍无相关研究。
- 奥地利维也纳医科大学内科III胃肠病学和肝脏病学的Angelberger S等人在5名溃疡性结肠炎患者利用粪菌移植进行治疗，并在移植术后不同时间点比较粪便中细菌的组成。
- 结果证实具有抗炎和/或产生短链脂肪酸作用的普拉梭菌、Rosebura faecis、卵形拟杆菌等在患者体内成功定植是治疗成功的标志。疾病的严重程度（以Mayo评分为衡量指标）与肠杆菌科细菌所占比例过高和毛螺旋菌科细菌所占比例偏低有关。
由健康的捐献者提供进行粪菌移植是治疗艰难梭菌相关疾病的有效方法，目前认为可以用于治疗多种功能紊乱疾病，如炎症性肠病、肠易激惹综合征和代谢综合征等。粪菌移植有效治疗上述疾病的原理是从健康人群提供的肠道有益寄生菌中获益。但对于粪菌移植后患者肠道菌群的组成和稳定性仍缺乏深入了解。
5名患有中度到重度活动期溃疡性结肠炎患者（Mayo评分≥6分），并且上述5名患者对常规疗法耐受，经过鼻空肠导管和灌肠进行粪菌移植治疗。除了监测临床反应和不良反应外，在12周内多时间点采用16S rRNA基因靶向焦磷酸测序技术监测患者粪便中的菌群。
粪菌移植引起发热和一过性C反应蛋白增加。从捐献者获得的菌群同样在接受者体内建立起丰富的菌群。但是来自捐献者的菌群定植的有效性和稳定性变化很大。移植12周后开始出现阳性的临床应答，经过粪菌移植一名患者的的菌群已经开始有效增殖。这种扩增是以来自捐献者的多种类细菌，包括抗炎和/或产生短链脂肪酸的普拉梭菌、Rosebura faecis、卵形拟杆菌等在患者体内成功定植为标志的。疾病的严重程度（以Mayo评分为衡量指标）与肠杆菌科细菌所占比例过高和毛螺旋菌科细菌所占比例偏低有关。
该项研究强调了了解暂时性解决性菌群动态变化的特征的价值。这有助于更好的理解粪菌移植的疗效。为监测粪菌移植在治疗溃疡性结肠炎中是否成功提供了有效的潜在诊断指标。
研究背景：
随着时间推移，捐献者提供的微生态环境的稳定性如何？微生物成为新的肠道微环境中暂时稳人类及其体内数以万计的肠道微生物共同进化形成了一个庞大的互益的共生体系。人类作为宿主提供了一个稳定、营养丰富的生态环境，而共生的微生物为形成短链脂肪酸、防止感染以及调节促进宿主免疫系统提供能量和细胞内前体。然而这种动态的、多元化的共生体系平衡可因基因因素和外部环境因素而被打破，导致严重的肠道疾病。
全世界大约有4百万人罹患慢性炎症性肠病，大部分集中在美国和欧洲。炎症性肠病主要包括克罗恩氏病和溃疡性结肠炎。炎症性肠病并非单一病因所导致的，而是遗传易感个体中肠道寄生菌群、肠上皮以及免疫系统之间有害的相互作用共同引起的。现在分子生物学方法的应用使得综合性分析肠道微生态成为可能，并发现炎症性肠病患者的肠道微生态是紊乱的、寄生密度很低的状态。但因不同个体、不同的肠内结构（如回肠和结肠、肠粘膜和管腔）差异很大，不同的疾病特征或亚型也会影响数据的获得和分析，所以炎症性肠病特征性肠道微生态情况目前尚不清楚。
标准化的炎症性肠病的治疗方案包括抗炎和/或免疫抑制药物治疗或手术干预，但每种方法都不是治愈性的。替代性炎症性肠病治疗方法主要是利用调节患者肠道微生态的组成成分已达到克服肠道功能失调的目的，该方法已经成为近年研究兴趣主要集中的项目。近期，随机对照的临床试验的荟萃分析指出炎症性肠病患者中抗生素治疗可使患者获益。也有一些证据表明益生菌制剂可以促进和稳定疾病的临床缓解，特别是溃疡性结肠炎的患者。然而一个商品化的、仅由少数几种多态性很低的菌群组成或者短期的抗生素治疗能否持久地改善肠道微生物的生态环境目前仍不清楚。
近几年人们的兴趣主要集中在寻找更多的能改善患者肠道微生态的组成以达到克服肠道微生态失调的目的治疗方法上。而由健康人群作为捐献者提供的粪菌移植治疗作为选择性炎症性肠病的治疗方法越来越多地引起人们的关注。粪菌移植，也被成为粪便细菌疗法在治疗艰难梭菌因袭的腹泻和假膜性肠炎中的应用时间已经超过50年，并取得了十分成功的治疗效果。2项近期进行的系统性综述（一项为27例相关实验包括了317名患者，一项为包括了7例相关实验共包括了124名患者）结果强调了粪菌移植治疗艰难梭菌相关肠病的疾病改善和完全治愈率分别为92%和83%，并且无明显的不良反应。然而粪菌移植在治疗炎症性肠病中应用还十分少。
假设粪菌移植的成功率很高，而且捐献者的肠道微生态菌群可以在接受者的肠道内有效成功定植这一假设成立的话，令人惊讶的是关于移植菌群成功定植的相关信息却几乎没有。很少研究将捐献者和接受者的粪便细菌组成进行对比，而且进行了对比的研究也仅仅是选择了粪菌移植进行后单一或很少的时间点进行了比较。更主要的是，仅有一项研究采用了16S rRNA靶向基因指纹识别法，但在肠道菌群多样性的系统分析研究中还缺乏多基因的鉴定。所以，仍需要进一步证实捐献者的肠道菌群在接受者肠道的定植是否能够或者在多大程度上能够解决患者的临床症状。
作者在本研究中阐述了粪菌移植后捐献者的肠道菌群在接受者体内究竟命运如何。新的肠道菌群的组成成分（捐献者-接受者肠道菌群组成）在移植后短期或者长期如何变化？接受定植的肠道微环境改变是一个瞬时的“全或无”的事件还是一个以单个微生物成功定植为特征的持续事件？定植的细菌的鉴定特征是什么？在本研究中我们选择了5名溃疡性结肠炎患者进行了粪菌移植治疗，并在移植术后进行了3个月的随访以研究暂时性肠道微生态的变化情况。在进行粪菌移植后选择5-9个不同的时间点取样，利用细菌16S rRNA基因扩增元进行高度平行地焦磷酸法测序来分析比较粪菌组成，比较微生物组成数据和疾病严重程度的临床测量报告来鉴定不同分类的各种指标以及这些指标用于鉴别疾病系统发展的分辨率。
