患有肝脏疾病的患者，不论其是急性还是慢性肝病, 其中有许多患者可以没有明显的乏力、纳差、尿黄等临床表现，这时通过检查肝功能指标能及时地了解肝脏确切的功能，另外也可以通过不同肝功能指标的比较，了解疾病可能的病因，更有甚者能发现一些隐匿性的疾病，提早预防。
反映肝细胞直接损害的指标
最为常见的是谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）、碱性磷酸酶（ALP）和γ谷氨酰转肽酶（γ-GT），其中 ALT、AST 提示肝细胞损伤坏死，而 ALP、γ-GT 则与胆汁淤积有关。
谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）升高是所有肝脏疾患的典型表现，包括各种急慢性病毒性肝炎、肝硬化，酒精性肝炎、脂肪肝，药物中毒性肝炎、自身免疫性肝炎等。
ALT、AST 是肝细胞损伤的敏感指标，但需要注意以下特殊情况：
1. ALT、AST 水平与肝细胞损伤坏死之间的相关性不是最强，不能因为 ALT、AST 仅超过正常值上限 1～2 倍就不引起重视，临床上许多终末期肝病患者，由于有功能的肝细胞的大量丧失，其 ALT、AST 可在正常值范围内。
2. ALT、AST 在肝脏中含量最多，除此之外尚存在于心肌、骨骼肌、肾脏、脑、胰等脏器中，因此在心肌和骨骼肌等脏器损害时，ALT、AST 也可异常升高，在剧烈运动、长途旅行时可出现一过性的 AST（偶有 ALT）水平升高。
碱性磷酸酶（ALP）和γ谷氨酰转肽酶（γ-GT）反映胆汁淤积，在各种急慢性病毒性肝炎、肝硬化时大多正常或轻度升高。若 ALP、γ-GT 异常升高、同时伴有 ALT、AST 异常升高，需考虑存在肝细胞损伤坏死伴肝内胆汁淤积；若 ALP、γ-GT 异常升高，但 ALT、AST 升高不明显，需警惕存在肝内肝外胆道阻塞，这时需要腹部 B 超、CT 排除肿瘤、肝内胆管结石、胆总管结石、肝肉芽肿、肝脓肿等疾病可能。自身免疫性肝炎患者可表现为 ALP、γ-GT 显著升高，而 ALT、AST 轻度异常。
ALP 主要存在于肝、骨骼肌，在儿童期及青春期由于骨骼发育，ALP 可达正常成人数倍；在某些骨骼疾病时 ALP 可异常升高；妊娠后期胎盘型 ALP 进入血液循环后可异常升高。但上述情况下 γ-GT 、ALT、AST 大多在正常范围。有部分急性病毒性肝炎患者， ALT、AST、ALP 逐渐趋于正常，但 γ-GT 持续增高，则提示发展为慢性肝炎可能。
胆红素与胆汁酸代谢
胆红素主要是衰老的红细胞破坏后释放出来的血红蛋白的分解产物，肝脏负责将其从血液中摄取并分泌至毛细胆管，经肠道细菌作用，大部分随粪便排出，少部分经肾脏排出。当血液中总胆红素水平异常升高时，就会出现尿黄、皮肤黄染，临床上称之为「黄疸」。
临床上除了肝脏疾病引起黄疸外，还需要考虑以下情况：
1. 溶血、红细胞生成不良等血液系统疾病，肝功能表现为总胆红素及间接胆红素显著升高，而直接胆红素正常或轻度升高，ALT、AST 基本正常。
2. Gilbert 综合征（轻度慢性高胆红素血症），遗传性疾病，人群发病率 3%～7%，一般在 20～30 岁后被发现，总胆红素位于 30～50 umol/L 左右，以间接胆红素升高为主，直接胆红素可正常或轻度升高，ALT、AST、ALP、γ-GT 可正常，在炎症、饥饿、手术、妊娠等诱发因素出现时黄疸可进一步上升，但一般低于 85.5 umol/L 临床上呈良性、慢性过程，预后良好，无特殊处理。
胆汁酸在肝脏合成及分泌，在肝细胞损伤、胆汁淤积、胆流排泄不畅时可异常升高。胆囊炎发作时，可异常升高。妊娠期肝内胆汁淤积早期可无临床症状，仅表现为胆汁酸升高，而其他指标均正常，需引起重视，胆汁淤积严重者，可影响胎儿发育成长。
肝脏生物合成功能
白蛋白、球蛋白、胆碱酯酶、胆固醇/酯等由肝细胞合成并释放入血。上述指标低下，常提示肝脏疾病严重或储备功能差，处于终末期肝病。
