美国弗吉尼亚联邦大学、麦克奎尔退伍军人医疗中心胃肠、肝病和营养科 Lachar 和 Baja 等教授在 Semin Liver Dis 杂志上发表综述，全面探讨了肝硬化患者的肠道菌群变化及其与肝硬化失代偿期的主要并发症之间的关系。
人体肠道内的共生菌或土著菌在健康和疾病中具有重要的作用，肠道菌群与免疫系统的相互作用维持着健康和内环境稳定。肠道菌群的改变可导致抗生素相关性腹泻、变态反应性疾病和致病菌定植等。不同饮食可引起肠道菌群的显著变化，例如，拟杆菌属与蛋白质丰富的饮食有关，而纤维素丰富的饮食可使普氏菌属增多。
肝硬化微生态失调的病理生理学尚不完全清楚。肝硬化患者次级胆汁酸和初级胆汁酸的比例下降，可以影响肠道菌群的组成，有利于致病菌的生长。
随着肝硬化进展至失代偿以及发生 HE，患者发生肠道菌群改变。包括致病菌的数量增加，共生菌的数量减少：拟杆菌属/厚壁菌门的比例增加，肠杆菌科等致病菌数量增加，毛螺菌科等共生菌数量减少。肝硬化患者的乙状结肠黏膜、唾液和血清中也有上述改变，与肝硬化的严重度相平行。
肝硬化患者的革兰氏阴性杆菌，最常见者为肠杆菌科等尿素酶产生菌增加。这些微生物可生成尿素酶，促进尿素转化至氨，在 HE 的发病机制中起到主要作用。HE 患者存在肠道菌群改变和（或）微生态失调，肠杆菌科、产碱菌科、大肠杆菌和葡萄球菌属等数量增加。患者的意识障碍、全身炎症以及致病菌丰度增加均与微生态失调有关。
肝硬化患者微生物组中革兰氏阴性杆菌的比例较高，最常见者为肠杆菌科。发生致病菌从肠道至肠系膜淋巴结的细菌移位，可促使 SBP 的发生。小肠细菌过度生长—空肠内存在结肠细菌，是导致肝硬化患者发生细菌移位的重要因素。肝硬化患者应用质子泵抑制剂（PPI）治疗，可能促使链球菌科等细菌种类的增加以及细菌移位的发生。
以肠道细菌为目标的 HE 治疗，可以减轻高氨血症，降低内毒素、白介素（IL）-1B、IL-6 和肿瘤坏死因子（TNF）等炎症指标的水平。治疗药物主要包括乳果糖和利福昔明，可以抑制致病菌的生长，减弱这些致病菌的致病力，从而使 HE 症状和菌血症减轻。
肝硬化住院患者入院时以及住院期间的肠道菌群组成，可以预测器官衰竭、慢加急性肝衰竭和死亡的发生。肝硬化门诊患者唾液和粪便中的菌群改变与需要住院治疗独立相关。
