近年来，炎症性肠病的发病率呈逐年上升趋势，并已成为消化系统的常见疾病和慢性腹泻的主要原因。而克罗恩病和溃疡性结肠炎同属于炎症性肠病，两者为非特异性肠炎中最常见的疾病，常反复发作、不易根治。两者治疗也有差异：
克罗恩病的治疗务必戒烟，饮食调理与营养，补充多元维生素及微量元素。活动期，尤其以小肠病变为主，有肠外表现患者，应充分休息，可使用糖皮质激素缓解症状，而后递减维持。
若激素疗效不佳或有依赖的慢性活动者，可考虑免疫抑制剂。病变局限在结肠的轻中度患者需用氨基水杨酸制剂抑制局部及全身炎性反应、免疫反应。主要包括柳氮磺胺吡啶和 5-氨基水杨酸，前者为治疗的基本药物，后者主要起抗炎作用。若传统治疗无效，可考虑生物制剂，重复治疗可取得长期缓解。
肠道细菌是克罗恩病发病的一种重要因素，尤其是脓肿、梗阻等合并症者，合并细菌感染或肠道细菌过度生长会促进病情发展。抗菌药物仅作为克罗恩病患者术前或出现严重及中毒性结肠炎时的治疗，轻、中度克罗恩病可用环丙沙星等广谱抗菌药物治疗。手术治疗仅限于完全性肠梗阻、瘘管与脓肿形成、急性穿孔或不能控制的大出血，术后复发率较高。
而溃疡性结肠炎的治疗，主要在于控制其急性发作，减少复发并积极防治并发症。平时注意饮食和休息，纠正电解质紊乱，控制感染，贫血者输血，低蛋白血症者输白蛋白。对重症患者要慎用抗胆碱药物或止泻药，防止诱发中毒性巨结肠。轻中度患者首选氨基水杨酸制剂，若病变局限于直肠、乙状结肠者，可以考虑 5-氨基水杨酸制剂，如栓剂、泡沫和液态灌肠剂。
急性暴发或重型患者选用糖皮质激素控制，减轻毒血症。若对激素治疗效果不佳或对激素依赖，反复发作、持续发作者，可用免疫抑制剂。大出血、肠穿孔、重型患者合并中毒性结肠扩张经积极治疗无效，伴有严重毒血症时，可紧急手术。
