♦ 案例一
The New England Journal of Medicine, 2009, 360(26):2719-2729.Impact factor (2009)=47.05
Mutation of FOXL2 in granulosa-cell tumors of the ovary
Shah, S. P., Kobel, M., Senz, J. et al.
案例简介：
粒层细胞瘤GCTs是恶性卵巢性腺间质肿瘤最常见类型。发病机理还不清楚。而且组织病理学诊断受到挑战，目前除了外科手术治疗外没有其他治疗方案。
为了摆脱传统组织病理学诊断的局限性，研究粒层细胞瘤GCTs新的诊断标准。加拿大英属哥伦比亚癌症研究中心Huntsman博士领导的研究小组利用Illumina公司新一代测序仪Genome Analyzer II(GAII)对四个成年GCTs进行全转录组双末端RNA测序，并将测序获得的数据与11个上皮卵巢肿瘤，已发表的人类基因组以及SNP数据库进行比较。
他们发现在四例GCTs中，卵巢粒层细胞发展过程中重要的转录因子FOXL2，有一个错义突变，402位碱基C突变为G，导致134位氨基酸半胱氨酸突变为色氨酸。在后期验证中，在89例成年GCTs中有86例有FOXL2的突变，突变率为97%，12例泡膜细胞瘤中有3例有突变，突变率为21%，10例少年GCTs有1例突变，突变率为10%。在49例其他类型的SCST和329例不相关卵巢癌和乳腺肿瘤中没有FOXL2的突变。
重要发现：
►全转录组测序发现经形态学鉴定的成年GCTs中FOXL2有一个402位C至G的突变。
♦ 案例二
Nature Medicine, 2010, 16(7):793-798.Impact factor (2009)=27.136
Rearrangements of the RAF kinase pathway in prostate cancer, gastric cancer and melanoma
Palanisamy, N., Ateeq, B., Kalyana-Sundaram, S. et al.
案例简介：
在前列腺癌中，尽管包括ETS家族转录因子在内的周期性基因融合很常见，但这些产物都无法成为现有方法的药物靶点。最近，1-5%的肺癌中鉴定出一些稀有的可作为靶向的基因融合， 包括未分化淋巴癌受体酪氨酸激酶基因（ALK），该发现暗示可能在其他的上皮细胞癌中也存在相似的稀有基因融合。
密歇根大学的Arul Chinnaiyan等人运用转录组测序，测序5组ETS基因融合的前列腺癌和10组未发生ETS基因融合的前列腺癌共15组数据，经分析，在PCA3和PCA17两例未发生ETS基因融合的前列腺癌中，RAF信号途径上BRAF和RAF1基因优先发生融合现象。随后利用qRT-PCR和FISH技术验证PCA3和PCA17中RAF相关基因的基因融合现象，并构建融合基因表达质粒分别在HEK293和RWPE细胞中表达，进行后续研究。
重要发现：
► 发现了RAF信号途径在前列腺癌、胃癌和黑色素瘤中的关键作用；
►发现了可作为药物作用靶点的基因融合现象；
♦ 案例三
Cell Research (2008) 18: 997-1006. Impact factor (2009) 8.151
Characterization of microRNAs in serum: a novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases
Xi Chen, Yi Ba, Lijia Ma, Chen-Yu Zhang et al.
案例简介：
MicroRNA（miRNA）是长度在18-30 nt的内源性非编码小分子RNA，在进化上高度保守，具有转录后基因调控功能。miRNA功能失调已证明与包括癌症在内的多种疾病密切相关。南京大学生命科学学院Chen-Yu Zhang等的研究指出在小鼠、大鼠、牛胚胎、牛、马以及人类血清中miRNA的种类和水平在同一物种中是稳定的。
利用Solexa新一代高通量测序技术，该研究组对健康中国人个体的血清进行了研究，在男性和女性中各发现100和91种血清miRNA。同时该研究组还对肺癌、结直肠癌和糖尿病患者血清中miRNA的表达特征进行了分析，发现各种疾病之间miRNA的指纹特征很强，存在不同的表达模式，并用qRT-PCR验证了测序分析结果的准确性。该研究证明，血清小RNA可以作为检测各种癌症或其他疾病的无创诊断分子标志。
重要发现:
►在血清与血浆中存在稳定表达的miRNA，且有物种特异性
►血清miRNA 在肺癌、结直肠癌和糖尿病等不同疾病中都有着指纹作用
► 血清miRNA比血细胞miRNA更敏感反应病理特征
► 测序分析证明miR-25和miR-223 在非小细胞肺癌中特异性高表达，且其结果得到qRT-PCR验证，为其成为非小细胞肺癌无创诊断分子标志提供了理论基础。
♦ 案例四
Journal of Clinical Oncology, 2010: 28: 1721-1726. Impact factor (2009)17.793
Serum MicroRNA Signatures Identified in a Genome-Wide Serum MicroRNA Expression Profiling Predict Survival of Non-Small-Cell Lung Cancer.
Zhibin Hu, Xi Chen, Yang Zhao, TianTian et al.
案例简介：
Zhibin Hu, Xi Chen, Yang Zhao等，提取不同存活期的非小细胞肺癌（NSCLC）患者血清样本（每组30例样本），进行Solexa新一代高通量测序。通过对测序结果进行分析筛选，并对筛选出来的miRNA在243例病理样本中进行qRT-PCR验证，最后分析发现miR-486，miR-30d，miR-1 和 miR-499 与预后生存密切相关，可作为无创性预后诊断的分子标志。
